顺帝虽昏庸，亦知国难当头，至正二十七年，公元1367年，他秘密在高丽济州岛建造宫殿，以备將来逃难之用。

就在元朝內乱的期间內，朱元璋坐大於南方，將陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平，並在至正二十七年，公元1367年十月发动“驱逐胡虏、恢復中华”的北伐战爭。

至正二十八年，公元1368年正月，朱元璋自称皇帝，国號大明，建元洪武。

明军高歌猛进，势不可挡，到至正二十八年，公元1368年闰七月时，元顺帝才意识到內斗只会让朱元璋坐收渔利，当下与扩廓帖木儿和解，但为时已晚。

至正二十八年，公元1368年闰七月二十三日，明军抵达直沽，二十六日，知枢密院事卜顏帖木儿出大都迎战明军，被擒杀，太庙牌位也被收集好，在逃难时一起带走。二十七日，顺帝命淮王帖木儿不监国，庆童为中书左丞相，自己则做好逃难的准备。二十八日，顺帝驾临大都清寧殿，召见眾臣及三宫后妃与皇太子，正式宣布將逃往上都。

知枢密院事哈剌章，也就是脱脱的儿子，他力諫不可。

元顺帝说：“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也？”

宦官赵伯顏不跪地痛哭进諫说：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城！”

元顺帝嘆息说：“今日岂可復作徽、钦！”

他到了这天夜里，大都健德门开，与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。

最⊥新⊥小⊥说⊥在⊥⊥⊥首⊥发！

元顺帝一路上如惊弓之鸟，连山峰塌方都以为是明军到来。

八月十五日，元顺帝一行终於抵达上都。

此前大都已经在八月二日被明军攻占，监国淮王帖木儿不等殉国。

元朝在中原统治结束，北元开始。

元顺帝在北逃时感慨道：“朕不出京师，安知外事如此！”到上都后又“昼夜焦劳，召见省臣或至夜分”“召见群臣，询恢復之计”，颇有重新振作的姿態。

这时，哈剌章请求顺帝命扩廓帖木儿入援，得到顺帝同意。

扩廓帖木儿不负顺帝希望，於至正二十八年，公元1368年十月初，在韩店与明军打了一个漂亮的胜仗。

元顺帝被这一胜利冲昏头脑，封扩廓帖木儿为齐王，並命令他挥师收復大都。然而，明军趁机偷袭，扩廓帖木儿大败，仅以十八骑逃走。

此后顺帝再度消沉，身体每况愈下，至正二十九年，公元1369年元旦朝贺时，他就託病不出。

此后经常因病缀朝。

这时，元军连战连败。

至正二十九年，公元1369年六月十三日，元顺帝又弃上都奔应昌，其间许多大臣进諫速奔和林，但由於阿鲁辉帖木儿事件的阴影，顺帝都没採纳。

至正三十年，公元1370年，元顺帝病重，由皇太子爱猷治理达腊总军国诸事。

同年四月二十八日，顺帝因痢疾驾崩於应昌，享年五十一岁，太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。

他死后庙號惠宗，朱元璋以其“知顺天命，退避而去”，给予了“顺帝”的尊號。